Революционную деятельность начал в 1893 году в подпольном рабочем кружке, которым руководил В.И. Ленин. В 1895 году он – один из активнейших членов петербургского «Союза борьбы за освобождение рабочего класса».
В начале 1896 года Бабушкин был арестован по делу «Союза борьбы». После 13 месяцев заключения в одиночной камере он был выслан под надзор полиции в Екатеринослав (ныне Днепропетровск). В Екатеринославе Бабушкин продолжает революционную деятельность. Усилиями Бабушкина и других революционеров в Екатеринославе был создан «Союз борьбы за освобождение рабочего класса».
После освобождения Ленина из сибирской ссылки Бабушкин восстановил с ним связь и стал активным корреспондентом и агентом ленинской газеты «Искра».
В конце 1901 года Бабушкин был снова арестован, но ему удалось бежать из тюрьмы. В сентябре 1902 года он приехал в Лондон, где находилась тогда редакция «Искры». Через несколько месяцев по заданию Ленина Бабушкин возвратился в Петербург и включился в борьбу с противниками создания единой политической партии пролетариата – «экономистами».
В январе 1903 года Бабушкин был вновь арестован и после длительного заключения сослан в Сибирь. Во время революции 1905 года возглавил революционное движение в Иркутске. Был членом Иркутского и Читинского комитетов РСДРП, работал в газете большевиков «Забайкальский рабочий».
В январе 1906 года Бабушкин вместе с группой товарищей перевозил оружие для вооружённого восстания из Читы в Иркутск. На обратном пути транспорт с оружием настигла карательная экспедиция. Царские палачи схватили Бабушкина и его товарищей и 31 января 1906 года без суда и следствия расстреляли на станции Мысовая (ныне - г. Бабушкин, Бурятия).
В некрологе, посвященном Бабушкину, В.И. Ленин назвал его народным героем, гордостью большевистской партии.
